PCO kent een bestuur dat op hoofdlijnen bestuurt. De dagelijkse leiding van de vereniging ligt in handen van een algemeen directeur. Deze wordt ondersteund door een ambtelijk secretaris en een financieel medewerker op het bestuurskantoor. De algemeen directeur legt verantwoording af aan het bestuur.

De ledenraad controleert het gevoerde beleid van het bestuur; de GMR voert namens ouders en personeel overleg met de algemeen directeur. Daarbij heeft zij instemming- en adviesbevoegdheden. De raad bestaat uit twee vertegenwoordigers van de MR van elke school.

De directeuren zijn integraal verantwoordelijk voor hun school op basis van het bestuurs- en managementstatuut van PCO. Zij vormen samen het Managementteam, dat maandelijks bijeen komt onder leiding van de algemeen directeur.